Территория нынешнего Баганского района входила в Купинскую волость и в начале XX века её заселяли переселенцы из Украины, Белоруссии, центральных областей России, которых притягивали плодородные земли. В поисках «вольных» земель крестьяне переселялись из европейской части России целыми деревнями.
В период с августа 1919 года по сентябрь 1924 года территория района входила в Андреевскую волость Татарского уезда Омской губернии.
В 1922 году на территории теперешнего Баганского района было три волости, входящие в состав Татарского уезда: Андреевская, Теренгульская, Баганская волости.
В сентябре 1925 года Андреевский район был передан в Славгородский округ Сибирского края, с 1930 года Западно - Сибирского края.
В январе 1931 года Андреевский район был упразднен и включен в состав Черно - Курьинского, а с 1933 года Карасукского района.
Вновь Андреевский район создан в 1935 году и до сентября 1937 года входил в состав Западно - Сибирского края. В сентябре 1937 года Андреевский район, в составе других 54 районов, был выделен во вновь образованный Алтайский край.
13 августа 1963 года Андреевский район передан в состав укрупненного Карасукского района.
3 ноября 1965 года был образован Баганский район, в который вошли Андреевский, Китай-Городский, Палецкий сельсоветы, выделенные из Карасукского района и Баганский, Вознесенский, Грушевский, Казанский сельсоветы, выделенные из Купинского района.