Село Кочки основано в 1810 году. В 1857 году в деревне Кочки в 35 дворах проживало 174 человек, посевной площади было 168 десятин. В 1893 году население Кочек насчитывало 1638 человек, дворов имелось 202. Кочки к тому времени уже были селом. В центре стояла церковь, неподалеку-церковно-приходская школа. В 1910 году на площади волостного центра в небольшом крестьянском доме организовали медицинский пункт. До революции в селе имелось две школы: церковно-приходская и начальная. Основная часть населения была неграмотной, но население считалось зажиточным. Как административная единица Кочки вначале были отнесены к Малышевской слободе Бурлинского уезда Колыванской области Тобольского генерал-губернаторства. Далее и до 1917 года Кочковская волость относилась к Барнаульскому уезду Томской губернии. Установление Советской власти в Кочках затянулось до марта 1918 года. С 1921 года началась организация коммун, в 1925 году открыта почтовая контора в с. Кочки, осуществлявшая перевозку почты по району и до станции Каргат; установлен первый радиоприемник. По данным Всесоюзной переписи населения 1926 году в селе Кочки насчитывалось 833 хозяйства, население составляло 5274 человек, преобладающее население - русские и украинцы. В 1927 году в селе открыта семилетняя школа, а в 1928 году районная больница, образован районный народный суд. На базе коммун в 1929 году были организованы колхозы: «Прожектор», «Коминтерн», «Путь Ленина», «Путь Коммунизма», «По стопам Ленина»… Крестьяне стали активно вступать в колхозы. В 1931 году в с.Кочки открылся банк, пожарная часть, вышел 1-й номер районной газеты «Знамя коллективизации». В 1932 году в с.Кочки образован комбинат бытового обслуживания населения, он включал баню, парикмахерскую, водокачку и электростанцию. Официально Кочковский район был образован в 1924 году. В связи с реорганизацией в 1963 году был присоединен к Доволенскому району, а в 1965 году - восстановлен.
На территории района расположено 10 муниципальных образований (Быструхинский, Ермаковский, Жуланский, Кочковский, Красносибирский, Новорешетовский, Новоцелинный, Решетовский, Троицкий, Черновский, сельсоветы), 19 населенных пунктов.