Мошковский район расположен в северо-восточной зоне Новосибирской области. С северной части Мошковский район граничит с Колыванским районом и омывается р.Обь, с восточной стороны граничит с Болотнинским районом, с южной части граничит с Тогучинским районом (граница проходит по р.Иня) и с западной стороны Мошковский район граничит с Новосибирским районом.
Общая площадь территории района 2591,33 тыс. кв. км (1,45% территории Новосибирской области). Протяженность Мошковского района с севера на юг составляет 54 км, с запада на восток - 75 км.
Согласно административно-территориального деления в Мошковском районе 11 муниципальных поселений, в том числе 2 городских и 9 сельских.
Район расположен в пределах Приобской предгорной равнины. Поверхность территории - холмисто-увалистая равнина с разветвленной овражно-балочной сетью. Абсолютные отметки - 150 - 200 м. Существенный показатель рельефа - глубоко врезанные долины рек Обь и Иня, имеющие направление с северо-востока на юго-запад. Поверхность дренируется густой сетью мелких рек и ручьев, стекающих в долины больших рек.
Среднегодовая температура воздуха отрицательная, изменяется от - 0,6 до - 0,2º. Средняя температура июля +18,6º, января - 19,0º. Годовое количество осадков изменяется от 410 мм (ЮВ) до 450 мм (СВ): в мае - июне - 90 - 95, августе - сентябре - 100 - 115. Заморозки начинаются в середине сентября, заканчиваются в конце мая в воздухе и в первой декаде июня на почве. Холодный период длится 179 дней, сумма отрицательных температур составляет 2205º.