Новосибирский район образован в 1929 году в составе Новосибирского округа Сибирского края, с 1930 года в составе Западно-Сибирского края. В 1937 году район был включён во вновь образованную Новосибирскую область. В 1939 году из состава района был выведен город Новосибирск, образовавший самостоятельное административно-территориальное образование.
22 февраля 1939 г. был издан Указ Президиума Верховного Совета РСФСР об образовании Новосибирского района с центром в городе Новосибирске в составе рабочего поселка Бердск и сельских Советов:
Барышевского, Березовского, Верх-Тулинского, Гусино-Бродского, Каменского, Криводановского, Мочищенского, Нижне-Ельцовского, Нижне-Чемского, Ново-Луговского, Толмачевского и Тюменкинского, выделяемых из пригородной зоны города Новосибирска, Кубовинского сельского Совета и поселка Ново-Каменского, выделяемых из Мошковского района и деревни Алексеевка, выделяемой из Ирменского района. В 1939 г. территория района составляла 203447 га, численность населения - 51,7 тыс. человек. На территории района находилось 44 колхоза, 9 совхозов разных наркоматов и ведомств, 6 кустарно-промысловых артелей и две МТС (Верх-Тулинская и Барышевская). Границы Новосибирского района и его площадь не раз менялись за прошедшие десятилетия. Современные границы район имеет с 1999г.